我們知道引起手術感染的途徑大致有三種：直接接觸感染，患者自身的感染和浮游于空氣中的病菌落入傷口而引起的感染。據有關資料報導：25%的傷口感染是由浮游于空氣中的病菌所起的，當然也要注意控制帶菌者出入無菌空間，現在這已由醫院制度實現。顯然，手術室潔凈措施就是要消除浮游于空氣中的細菌，減少由此引起的手術后感染。其方法：（1）控制浮游粒子發生量；（2）迅述有效的排除室內已發生的游浮粒子；（3）有效阻止室外粒子進入室內。
1.非單向流潔凈原粒（也有稱亂流潔凈室原理）
一般使經過過濾除菌的干凈氣流由送風口送入室內，然后向四周擴散、混合，同時把差不多同樣數量的氣流從回風口排走。這股氣流稀釋著室內的污染空氣，把原來污染嚴重的室內空氣沖淡，一直達到新的平衡狀態。
2.單向流潔凈室原理（也有稱層流潔凈室原理)
單向流潔凈室就是在室內從送風面到回風面經過濾和除菌的氣流流經途中的斷面幾乎沒有變化，加上送風靜壓箱和高效過濾器的均壓均流作用，使全室斷面上的流速均勻，沒有渦流，也就是說在潔凈室內，干凈氣流不是一股或幾股，而是充滿全室，潔凈原理不是靠摻混稀釋作用，而是靠推出作用，將室內臟空氣所沿整個斷面排至室外，從而達到凈化空氣的目的，有人稱這種潔凈空氣流為："潔塞流""平推流"。
3.空氣過濾
空氣進入潔凈室之前一定要經過初效、中效、高效過濾器，以控制空氣中微生物和非微生物粒子。一般來講，粗效（或稱初效）過濾器主要阻擋新風所攜帶10微米以上微粒和各種異物；中效過濾器主要阻擋1～10微米范圍內浮游微粒，以免在高效過濾器表面沉積過塊而堵塞；高效過濾器主要用以過濾送風中含量最多，用粗效和中效過濾器又不能或很難過濾掉的1微米以下的亞微米級微粒，它是送風系統的關鍵部分，高效過濾器即能濾掉微粒也能濾掉細菌，因為對細菌、螺旋體、立克次體來說，它們在空氣中不能單獨存在，而是以菌團或孢子的形式附著在1微米左右的塵埃上的，所以把空氣中大部分浮游菌看成1微米左右的等價直徑粒，其次細菌直徑一般在0.7～3.0微米范圍內（如白色葡萄球直徑0.7～1.2，腸菌直徑1.0～3.0，破傷風菌寬0.3～0.5，長2～4……），據同濟大學暖通教研室1976編寫《凈化空調設計參考資料》報導的實測結果，高效過濾器過濾細菌的效率基本上是99.95%以上，即通過高效過濾的空氣可視為是無菌的，可見除去空氣中浮游菌的最好方法是用高效過濾氣.