（一）生物安全柜的選擇
主要根據下列所需保護類型選擇適當的生物安全柜：
①保護實驗對象；
②操作危害程度一到四類的病原微生物時的個體防護；
③暴露于放射性核素和揮發性有毒化學品時的個體防護；
④上述各種防護的不同組合。
操作揮發性或有毒化學品時，不應使用將空氣重新循環排人房間的生物安全柜。Ⅱ級B1型和Ⅱ級A2型（外接管道）安全柜可用于操作少量揮發性化學品和放射性核素。Ⅱ級B2型安全柜也稱為全排放型安全柜，適用于操作大量放射性核素和大量揮發性有毒化學品。在提取核酸時，為避免交叉污染宜選用此類全排放型安全柜，以避免分子污染。
（二）生物安全柜的安裝
空氣通過前面開口進入生物安全柜的速度為0.38～0.5ml/s。如此速度的定向氣流極易受到干擾，人員走近生物安全柜所形成的氣流、送風系統調整以及開關門窗等都可能造成影響。因此，最為理想的是，將生物安全柜安裝在遠離人員活動、物品流動以及可能擾亂氣流的部位。在安全柜的后方以及每一個側面應盡可能留有30cm左右的空間，以利于對安全柜的清潔和維護：在安全柜上面應留有30～35cm的空間，以便準確測量空氣通過排風過濾器的速度和排風過濾器的更換。