潔凈室風量大，空調系統風壓高，運行時間廠，因此它的能耗比普通建筑消耗的更多，所以在設計過程中應全面考慮節能問題。為維持凈化車間要求溫度和相對濕度，需對送風進行必要的熱、濕處理（冷卻、去濕、加熱、加濕），因此也必須要向空調凈化系統供冷供熱，供蒸汽就要消耗大量能量。
為保證凈化車間潔凈度，溫度、濕度等參數，必須往凈化車間中送入大量空氣，送風風機和供水水泵等動力設備也要消耗能量。根據前面所說的供冷、供熱、供蒸汽消耗能量以及送風、送水設備消耗電量都會隨著潔凈級別的升高，能量消耗也會隨之加大。
在凈化車間冷負荷中，主要負荷是新風冷負荷，消除工藝設備、工藝過程產熱的冷負荷、抵消風機、水泵發熱冷負荷，這三項負荷占總冷負荷的90%以上；而圍護結構、照明、作業人員，這三項冷負荷不足總冷負荷的10%。