1、 一般規定
食品工業潔凈用房應按生物潔凈室原則建設，以控制有生命微粒的污染為主要目的，以空氣潔凈技術為過程控制的重要保障條件，構造良好衛生生產環境。建有潔凈用房的食品工廠的選址、設計、布局、建設和改造應符合食品潔凈生產要求，大限度地避免污染、交叉污染、混料和差錯的發生。廠區的生產環境應整潔，路面及運輸不應對食品的生產造成污染，人、物流走向應合理。應有適當門禁措施，防止未經批準人員的進入。應保存建筑和設施的竣工資料。
2、總平面布置
建有潔凈用房的食品工廠廠區內的建筑物的位置應滿足食品生產工藝的需要，劃分生活區和生產區；生產區中應明確區分潔凈生產區、一般生產區和非食品處理區。生產過程中發生空氣污染較嚴重的建筑，應建在廠區內常年多風向的下風側。相互有影響的生產工藝，不宜設在同一建筑物內，當設在同一建筑物內時，各自生產區域之間應有有效的隔斷措施。生產發酵產品應具備專用發酵車間。一般生產區應包括倉儲用房、非潔凈生產用房、外包裝用房等。非食品處理區應包括動力、配電、機修等用房和空調冷凍機房等。
3、 潔凈生產區
有無菌要求但不能夠實行終滅菌的工藝和雖能實行終滅菌，但滅菌后有無菌操作的工藝，應在潔凈生產區內進行。有良好衛生生產環境要求的潔凈生產區，應包括易腐性食品、即食半成品或成品的后冷卻或包裝前的存放、前處理場所，不能終滅菌的原料前處理、產品灌封、成型場所，產品終滅菌后的暴露環境，內包裝材料準備室和內包裝室，以及為食品生產、改進食品特性或保存性的加工處理場所和檢驗室等。
潔凈生產區應按生產流程及相應潔凈用房等級要求合理布局。生產線布置不應造成往返交叉和不連續。
生產區內有相互聯系的不同房間之間應符合品種和工藝的需要，必要時應有緩沖室等防止交叉污染的措施，緩沖室面積不應小于 3m2。
原料前處理（如切割、磨碎、烹調、提取、濃縮和稀配等）不得與成品生產使用同一潔凈區域。
生產車間內應劃出與生產規模相適應的面積和空間作為物料、中間產品、待驗品和成品的暫存區，并應嚴防交叉、混淆和污染。
檢驗室宜獨立設置，對其排氣和排水應有妥善處理措施。對樣本的檢驗過程有空氣潔凈要求時，應設潔凈工作臺。