隨著半個多世紀的發(fā)展，空氣凈化工程的應用越來越廣泛，技術要求也越來越復雜。目前，其具有代表性的應用領域是微電子工業(yè)、醫(yī)藥衛(wèi)生和食品工業(yè)。其應用領域主要包括:
1. 微電子工業(yè)
微電子行業(yè)是對潔凈室要求高的行業(yè)。隨著大規(guī)模集成電路(LSI)和VLS1的發(fā)展，對粉塵控制的要求越來越高。在IC制造過程中，集成度越高，圖形尺寸(以線寬表示)越薄，潔凈室受控粒度尺寸越小(通常為線寬的1/10)，粉塵含量越低。此外，現(xiàn)代工業(yè)液晶、光纖生產(chǎn)，對潔凈度要求相同。
2. 醫(yī)療行業(yè)
(1)藥品生產(chǎn)中國的《藥品生產(chǎn)管理規(guī)范》(GMP)已在全國范圍內實施，對相應的工藝和生產(chǎn)環(huán)境提出了不同程度的潔凈要求。針對原料的配制、粉末、注射、片劑、大輸液的生產(chǎn)、灌裝等工藝，制定了潔凈區(qū)和控制區(qū)的清洗標準。除了限制空氣中灰塵顆粒的大小和數(shù)量，生物顆粒(細菌的數(shù)量)也有明確的限制。
(2)醫(yī)院白血病治療室、燒傷病房、手術室也必須根據(jù)具體情況采取空氣凈化工程，防止空氣中的細菌感染，控制治療環(huán)境。
3.食品行業(yè)
無菌灌裝是食品工業(yè)中具代表性的清潔技術應用。食品的無菌包裝(如軟包裝鮮榨果汁、鮮奶等)在保持食品的色、香、味、營養(yǎng)等方面比高溫殺菌罐頭食品要好得多。無菌包裝是在清潔的環(huán)境中進行包裝的過程。除無菌灌裝外，空氣凈化工程在食品釀造發(fā)酵過程中對純菌種的培養(yǎng)、分離、接種和膨大，起到了防止細菌污染、提高產(chǎn)品質量的重要作用。
4. 生物安全
在基因工程、醫(yī)學、病理學、分子生物學、國防科研、等,通常需要在無菌無塵環(huán)境中經(jīng)營,一方面要求標本從微生物污染,另一方面需要研究材料,如腫瘤病毒、病原菌的風險高,放射性物質,如不溢出,危害操作人員的健康和污染環(huán)境。對于這種實驗操作，一般需要兩級隔離。在階段，生物安全工作柜通常用于隔離工人與病原體和其他危險標本。第二層是將實驗室工作區(qū)與其他環(huán)境隔離。這種實驗室不同于一般的潔凈室，它處于負壓狀態(tài)。
5. 實驗動物飼養(yǎng)
為了保證藥品和食品檢驗的長期安全性和病理學研究結果的可靠性，要求實驗動物在清潔的環(huán)境中飼養(yǎng)和繁殖。從控制微生物的角度看，醫(yī)學和生物實驗用實驗動物的飼養(yǎng)繁殖環(huán)境可分為三種類型:隔離系統(tǒng)、半隔離系統(tǒng)和開放系統(tǒng)。前兩種系統(tǒng)要求動物無菌(包括細菌、病毒寄生蟲等)，或者只攜帶少量已知微生物，或者不攜帶某些致病菌，等等。
空氣凈化工程還廣泛應用于航空航天、精密機械、儀器儀表、精細化工等行業(yè)。