在當前的管理過程中，工廠仍然存在許多的管理缺陷。相關的監督潔凈工程管理人員需要對外部環境和市場狀況進行有針對性的調查，保證制藥的安全性。
1.中藥制劑安全生產在廠房管理工作中的重要性
在潔凈工程中，生產需要相對清潔的環境，以確保中藥的安全使用和功效。因為中藥制藥是在傳統的制藥基礎之上進行加工處理的，所以要比傳統的中藥藥材更加容易被破壞。只有不斷的強化周圍制造生產環境，才會確保藥劑的安全性。
其中，在清潔區域的設計過程中，應盡可能避免狹長的設計，并且需要在該區域中安裝空調設備，保持潔凈工程內部的空氣流通，防止因為室內狹長，以至于大部分的空氣因為與空調排風位置較遠，流通性較弱，不利于室內通風，控制室內的溫度和濕度。
改進消毒鏈接的設置。目前，在潔凈工程中，通常使用臭氧消毒來制造藥物，但在實際潔凈工程操作中，大部分的公司在選擇設備型號的過程中較為隨便，以至于相關的腐蝕設施和消毒效果難以協調，造成實際的消毒狀況不佳，不僅會對企業造成嚴重的經濟損失，還會因為藥品的安全性，造成一系列的不良影響。
2.通風以及濕溫度的控制
與中藥相比，中藥經過深加工后更容易受到空氣中水分和周圍環境溫度的影響。一旦潔凈工程的工作人員沒有控制好房間內部的溫度和濕度，很容易降低藥劑的功效。針對此種情況，工作人員需要定期管理廠房的室內溫度和濕度，控制室內通風次數以及采光變化。按照室內的總面積以及空氣中濕度和溫度的平均數據輔助后期的管理。
可以指定專門的潔凈工程管理人員，實時監控制藥室內部的空氣變化環境，每一天由不同的人進行管理，并簽字交接，有利于實現責任分化制度的實施，如果出現嚴重的溫度變化，能夠第一時間找尋到有關負責人，從而實現加大管控力度。
3.鼠疫控制措施
由于氣味的原因，一些中藥經常吸引大量昆蟲，小鼠，蒼蠅和其他生物，就會導致制藥室內部衛生狀況的降低，存在安全上的隱患。潔凈工程中，針對此種情況的出現，工作人員需要采用一系列的管理措施強化對老鼠、昆蟲、灰塵以及病蟲害的治理。
通過在早期安裝大量設備或建造藥房，與建筑商合作共同計劃室內環境。例如，結合制藥室周圍環境的勘探，在特殊高度的位置上，安裝擋板，針對傳統藥材較多的制藥室，安裝金屬擋板，以免老鼠的破壞。潔凈工程中，在門口或者通風區域放置大量的滅蚊燈或者粘鼠板，有利于控制室內的蚊蟲。
在實際的凈化工程監督管理過程中，有關管理部門需要嚴格遵守有關規定，并遵守相應的監督管理程序，從而實現對中藥藥劑制作過程以及所在環境的監督，及時把握藥劑流程的衛生狀況，以確保此行業的可持續發展。