手術室凈化對于整個醫院醫療系統的重要性不言而喻，它其實是系統性非常強的一項工程，它的每個環節，每個步驟都必須要進行緊密的配合，這樣才可以建設好這項凈化工程。手術室凈化主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內的“正壓”狀態來維持的，所以它不僅僅是醫院凈化的核心工程，同時是醫院的形象工程，更是半永久性的基礎建設工程，因此手術室凈化的設計與施工要求很高。
手術室的布局：
從現在的情況來看，在手術室凈化的設計布局方面，大致上可以分為以下幾個類型：雙通道型、單通道型、中央環島型、單元型。出于便于管理的考慮，建議可建成雙通道型。
輔助用房與設施：
從凈化工程的總體設計方面出發，首先一定要做到的是分區明確，潔污分明。其次，人流、物流跟污物的流通道合理，輔助用房完善，功能與設施先進完備，且具有前瞻性。百級層流手術室應具備清洗、打包、消毒、滅菌、一次性物品的存放、麻醉準備、無菌器械、無菌敷料、醫護人員的更衣、洗手，患者的換床、蘇醒、家屬等待、洽談室等輔助用房與設施。
手術室面積：
在手術室凈化的設計過程中，會面臨三個非常重要的問題：第一是面積，第二是間數，第三是無影燈的選擇，這當中最重要的問題是面積。好多地方的醫院在20㎡或30㎡的這樣一個面積里面也可以設計出一個手術部，但是建好以后吊塔很容易撞墻。根據手術室凈化工程的使用經驗來看，潔凈手術部的面積在45㎡以上比較好，60㎡～80㎡比較合適。
手術室間數
說到百級潔凈手術室，可能很多人還不是太了解，在通常的情況下標準都是手術室一張床配比外科的二十五張病床，是1：25的比例。按照這樣一個比例，根據醫院的床位去設計手術床到底有多少張，這就要有發展的眼光，因為現在手術的難度、復雜程度都在增加。要考慮今后10年、15年甚至是20年的發展需要，所以，在進行手術室凈化設計的時候，要預留更多的床位以備將來。
最后需要提醒一下，由于凈化工程設計施工的圖紙往往會有一些細節問題考慮得還不夠周全，在建筑中，圖紙和實際有差別。建議手術間與各輔助房的顏色要搭配，生活區與休息區的顏色要搭配。