潔凈室按用途分類（可分為兩大類）：
（1）、工業潔凈室——以無生命微粒的控制為對象。主要控制空氣塵埃微粒對工作對象的污染，內部一般保持正壓狀態。它適用于精密機械工業、電子工業（半導體、集成電路等）宇航工業、高純度化學工業、原子能工業、光磁產品工業（光盤、膠片、磁帶生產）LCD（液晶玻璃）、電腦硬盤、電腦磁頭生產等多行業。
（2）、生物潔凈室，主要控制有生命微粒（細菌）與無生命微粒（塵埃）對工作對象的污染。又可分為；
A、一般生物潔凈室，主要控制微生物（細菌）對象的污染。同時其內部材料要能經受各種滅菌劑侵蝕，內部一般保證正壓。實質上其內部材料要能經受各種滅菌處理的工業潔凈室。例：制藥工業、醫院（手術室、無菌病房）食品、化妝品、飲料產品生產、動物實驗室、理化檢驗室、血站等。
B、生物學安全潔凈室：主要控制工作對象的有生命微粒對外界和人的污染。內部要保持與大氣的負壓。例：細菌學、生物學、潔凈實驗室、物物工程（重組基因、疫苗制備）
現在一般車間會選用空調機組，這些空調機組有什么好處呢？
1、風量大無塵室主要是通過空氣量的循環來過濾空氣中的塵埃、細菌等，實現對空氣中非生物粒子和生物粒子的控制，達到潔凈的標準。因此需要有足夠的風量來保證室內的潔凈度。無塵室的風量一般按照室內換氣次數來計算，通常是10倍，甚至幾十倍，尤其是單向流無塵室，換氣次數達到房間體積的幾百倍。
大風量對空氣處理機組的強度是個考驗，所以潔凈用空氣處理機組首先要滿足高強度的要求。
2、風機的壓頭高無塵室一般也要采用集中送、回風的方式，以保證維持無塵室的正負壓調節的要求，所以無塵室的管道阻力一般比普通空調的要多一倍以上。需要克服這些阻力，就要求空氣處理機組的送風機有足夠的壓頭，所以無塵室的空氣處理機組的送風機組一般采用后彎機翼型的風機，或者是無窩殼的風機，才能達到足夠高送回風壓頭。無塵室用空氣處理機組的漏風率越低，為客戶節省的能源就越多，運行費用就越低。
3、溫濕度控制精度高和普通舒適性空調的滿足人員舒適的要求不同，溫濕度控制的精度是為了滿足工藝要求，如在某些電子產品的制造中，對溫濕度的控制要求非常嚴格，在醫用和實驗動物等方面，對溫濕度的控制精度也有明確的要求。為了實現恒溫恒濕，那么要求空氣處理機組中至少要具備制冷、制熱、加濕、除濕等功能段，而且需要精密控制的方式。
4、正負壓控制嚴格。
無論是電子廠房還是隔離病房、制藥廠、實驗動物室等，為了防止粉塵、細菌擴散到潔凈區域，還是為了防止病毒細菌的擴散引起交叉感染，潔凈房間的正負壓控制非常重要，特別是在醫用場合需要防止放射性塵埃、有害氣體、臭氣及細菌向外擴散，準確有效的控制正負壓極其關鍵。實際工程應用中，工業無塵室和一般生物無塵室都是采用正壓維持，但對于使用有毒、有害氣體或使用易燃易爆溶劑以及有特殊要求的生物無塵室則采用負壓控制。要想有準確的壓差控制值，在無塵室空氣處理機組要求要有較低的漏風率，才能有較高的控制精度。同時采用集中送回風的分流段將在空調箱中被廣泛應用。
5、擁有良好的過濾系統無論是滿足工藝設計要求的工業無塵室，還是滿足醫用、制藥、實驗動物等的生物工程，共同的特點是要滿足無塵，這將靠一套良好的空氣過濾系統來完成。潔凈技術對微生物、塵埃等的控制程度，主要取決于過濾器的性能。空氣過濾器需要有良好的品質，一旦發生泄漏，就再也不可能達到潔凈的可能。除了本身不能有任何的泄漏，過濾器在空調箱的密封也要引起注意。
6、采用變頻技術。
潔凈空調系統大風量的特點帶來了高能耗，各種節能技術在潔凈空調系統中得到廣泛的應用。其中變頻技術在潔凈空調系統中被廣泛的選用。在無塵室中選用空氣處理機組的送風機，電機功率都是按過濾器的終阻力來選型的，在空調系統運行初期，風機的壓力是絕對足夠克服系統的阻力來滿足使用要求的，這時候采用變頻器，可以將風機的轉速降低，減少功耗，起到良好的節能目的；隨著系統的運行，過濾器的阻力越來越大，空調系統的風量將會減少，通過風管里風量或者是靜壓變化提供變化的數據給變頻器，又變頻器將風機的轉速變大，就可以滿足系統風量的要求，同時也可以對風機轉速的調節，對房間的正負壓保持有良好的調節作用。另外選用變頻風機，也可以在無塵室不使用時，將機組的轉速變低，送風機的風量減少，相當于值班風機的使用。
7、相當的穩定性和可靠性。
現代工業的高速發展，使得工業產品擁有體積小、高價值的特點，如果潔凈空調機出現故障，將帶來數于千計的損失，特別是醫用無塵室中，如果在手術或者是產房過程中，如果空調機組出現故障，將帶來生命的安危，因此要求空調機組擁有相當的穩定性和可靠性，要求空氣處理機組的每一個部件采購中應該采用擁有良好的品質管理的廠家的產品，如在機組內部應該選用有認證的高品質風機和高品質的電機，對過濾器的選用也要非常慎用，特別是高效過濾器，如果有一個小孔，就帶來無數的細菌，后果是無法想像的。另外在空氣處理機組的生產和檢測也要嚴格按照國家的標準制造。