手術室凈化系統主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內的“正壓”狀態來維持的，所以它不僅僅是醫院凈化的核心工程，同時是醫院的形象工程，更是半永久性的基礎建設工程，因此手術室凈化的設計與施工要求很高。
手術室的布局：
目前，手術室凈化的設計主要有雙通道型、單通道型、中央環島型、單元型。出于便于管理的考慮，建議可建成雙通道型。
輔助用房與設施：
手術室凈化總體設計要求分區明確，潔污分明，人流、物流與污物流通道合理，輔助用房完善，功能與設施先進完備，且具有前瞻性。百級層流手術室應具備清洗、打包、消毒、滅菌、一次性物品的存放、麻醉準備、無菌器械、無菌敷料、醫護人員的更衣、洗手，患者的換床、蘇醒、家屬等待、洽談室等輔助用房與設施。
手術室面積：
在手術室凈化中，要面臨三個困惑：第一是面積，第二是間數，第三是無影燈的選擇，這當中*重要的問題是面積。好多地方的醫院在20m2或30m2的這樣一個面積里面也可以設計出一個手術部，但是建好以后吊塔很容易撞墻。根據我們自己的使用經驗來看，潔凈手術部的面積在45㎡以上比較好，60㎡～80㎡比較合適。
手術室間數：
關于百級層流手術室間數，一般的標準是手術室1張床配比外科的25張病床，是1：25的比例。按照這樣一個比例，根據醫院的床位去設計手術床到底有多少張，這就要有發展的眼光，因為現在手術的難度、復雜程度都在增加。要考慮今后10年、15年甚至是20年的發展需要，所以，要預留更多的床位以備將來。
建筑裝飾：
手術室凈化設計施工的圖紙很多細節考慮不周全，在建筑中，圖紙和實際有差別。建議手術間與各輔助房的顏色要搭配，生活區與休息區的顏色要搭配。
